L’histoire de cette basilique débute avec la découverte au XIIIe siècle d’une statue de la Vierge Marie. Très vite, de nombreux pèlerins affluent pour se recueillir. Afin de les accueillir, Philippe Le Bel entreprend la construction d’une église dont la première pierre fut posée en 1339.
Lors de la guerre de cent ans, les anglais envahissent la région et ne laisseront comme vestige que le clocher.
Mais en 1444, le Seigneur de Beaugency, Jean de Dunois commande la reconstruction de l’édifice avec le soutien de Louis XI qui fait don de la Sainte-Épine et d’une relique de Saint-André.
Il la proclame également : Chapelle Royale qu’il choisit comme lieu de sépulture en 1467. Hélas, les guerres de religion puis la Révolution vont de nouveau endommager la basilique qui n’obtiendra ce titre qu’en 1840 par le Pape Léon XIII